Istoria Bisericii Baptiste Stânca Sibiu începe în anul 1991 când Nelu Șimon împreună cu Jan Barendse, în acel timp pastor în Biserica penticostală ”Der Fels” din Mainz, Germania, au decis să înceapă construcția unei Biserici într-o zonă a Sibiului unde nu mai erau alte Biserici. În anul 1992, celor doi li se alătură Vasile Felseghi, Nicu Sântea, Marian Besoiu și alții.

După mai multe căutări și pregătiri, în anul 1993 s-a găsit și cumpărat un teren pe strada Timotei Cipariu Nr.1, în zona respectivă nefiind nici măcar o Biserică ortodoxă. Între timp, s-a încercat stabilirea unei înțelegeri cu directoarea Școlii generale nr.7 de pe Calea Poplăcii, prin care să se permită strângerea celor credincioși într-una din sălile Școlii. Această înțelegere nu a fost însă posibilă datorită intervenției preotului ortodox care răspundea de acea zonă.

Cu ajutorul lui Dumnezeu, s-a închiriat o sală a restaurantului din Valea Aurie unde grupul de credincioși a început să se adune duminica după amiază. Aceste întâlniri la localul respectiv au avut loc toată vara. În același timp, se lucra și la clădirea noii Biserici având ajutoare din USA. Pastorul Joe Fauss împreună cu Milton Fauss au adus în mai multe rânduri grupuri mari din America, Canada, Marea Britanie și Africa de Sud, mai ales vara pentru a ajuta la lucru. În aceeași perioadă, se făceau evanghelizări în aer liber între blocurile din Valea Aurie și în parcul Sub Arini.

În februarie, 1993, fiind o vreme călduroasă, s-a zidit o parte din actuala clădire a Bisericii (partea unde sunt sălile de clasă pentru copii acum). În aprilie, grupul de credincioși format s-a mutat în sălile construite, continuând lucrările pentru finalizarea construcției Bisericii.

Din anul 1999 responsabilitatea păstoririi Bisericii este preluată de către Vasile Felseghi care slujește ca păstor al Bisericii până în anul 2018 când Dumnezeu a hotărât să-l cheme acasă. Din anul 2017 echipei de slujire a Bisericii Baptiste Stânca i se alătură și fratele Samuiel Bâlc care este ales ca păstor alături de fratele Vasile Felseghi, iar din anul 2018, după plecarea la Domnul a fratelui Vasile, Samuiel Bâlc slujește ca păstor coordonator al Bisericii Baptiste Stânca din Sibiu.